Cảnh sát đang vô cùng hoang mang bởi một loạt các vụ án bí ẩn được mệnh danh là The Vanishing Files. Những vụ án chưa được giải quyết đã làm tê liệt thành phố.
Sau khi đến một cabin có điều khiển từ xa, Isabel tình cờ phát hiện ra phòng thí nghiệm có chứa một loại huyết thanh bí ẩn trong trò chơi Mystery Agency: Visions of Time!
Irene và Richard Pemberton đã đi du lịch khắp đất nước Nhật Bản, sống một cuộc sống vô cùng thỏa mái và thú vị. Một đêm nọ, Richard được phát hiện đã chết trong văn phòng của ông, chết một cách mờ ám.