Cảnh sát đang vô cùng hoang mang bởi một loạt các vụ án bí ẩn được mệnh danh là The Vanishing Files. Những vụ án chưa được giải quyết đã làm tê liệt thành phố.
Khi Samantha bắt đầu cuộc tìm kiếm lần theo dấu vết của Cortez thì bị M’Alice cản trở. Cô đã bắt đầu dấn thân vào cuộc hành trình giành lại Emerald của Judgment.
Sau khi đến một cabin có điều khiển từ xa, Isabel tình cờ phát hiện ra phòng thí nghiệm có chứa một loại huyết thanh bí ẩn trong trò chơi Mystery Agency: Visions of Time!
Irene và Richard Pemberton đã đi du lịch khắp đất nước Nhật Bản, sống một cuộc sống vô cùng thỏa mái và thú vị. Một đêm nọ, Richard được phát hiện đã chết trong văn phòng của ông, chết một cách mờ ám.
Sau khi tại thành phố nơi anh làm việc xảy ra vụ va chạm giữa các băng đảng Mafia và cảnh sát trưởng bị bắt cóc, Sammy được giao nhiệm vụ điều tra vụ án cực kỳ nguy hiểm này.