Chương trình EF Commander với hai khung cửa sổ khá quen thuộc với những người đã từng sử dụng Total Commander. Bạn có thể thao tác trên thư mục, tập tin với các tác vụ như sao chép (copy), đổi tên (rename), di chuyển (move), xóa (delete), sắp xếp (sort), xem thông tin ổ đĩa, quản lý ổ đĩa, chia sẻ tài nguyên mạng... Các icon tiện ích đều được đưa vào thanh toolbar để truy cập nhanh.