Xa xa ở giữa đại dương có một hòn đảo nhỏ. Cư dân ở đấy sống rất hạnh phúc. Mọi thứ đều tốt đẹp... cho đến một ngày ngọn núi lửa đã nằm ngủ 3 nghìn năm bỗng thức giấc và phá huỷ phần lớn bộ tộc.
Tiếp tục câu truyện tiếp theo của những người bị lạc ở đảo Isola trong Virtual Villagers 2: The Lost Children. Nhiệm vụ của bạn là hướng dẫn những người dân mới giải cứu nhóm trẻ em đó. Giúp họ giải tất cả những câu đố hóc búa và bí ẩn.