Shellenhancer mang đến cho bạn khả năng quản lý các cửa sổ đang mở và màn hình desktop đa dạng hơn các công cụ mặc định của Windows. Nó cho phép thu nhỏ cửa sổ đang mở xuống khay hệ thống (Minimize To Tray) thay vì trên thanh tác vụ như thông thường, làm trong suốt cửa sổ (Transparency), khóa vị trí cửa sổ (Lock Position), giữ cửa sổ luôn mở ở trên cùng (Always On Top), giữ cửa sổ luôn ở trạng thái hoạt động (Keep Focus), cuộn cửa sổ lên chỉ còn lại thanh tiêu đề (Roll-up), giấu biểu tượng trên màn hình Desktop (Hide Desktop Icons) cùng nhiều tính năng hấp dẫn khác. Sau khi được cài đặt và kích hoạt, SE sẽ chạy trên khay hệ thống.
Bạn có thể quản lý cửa sổ bằng cách nhắp phải trên thanh tiêu đề của cửa sổ hay nhắp trái vào biểu tượng của SE trên khay hệ thống. Ngoài cách nhắp chuột thủ công, bạn có thể thiết lập cách thức kích hoạt tác vụ bằng phím tắc, khi di chuyển con trỏ chuột đến 4 góc màn hình hay theo các cách di chuyển khác của chuột, đồng thời có thể xác lập cho cửa sổ tự động trong suốt ở một vị trí, kích thước xác định khi ở trạng thái hoạt động… SE.