Clean cũng có thể được tải xuống hoàn toàn miễn phí từ Mac App Store. Bạn khởi động ứng dụng từ thanh Dock của Mac OS X và cửa sổ chính của Clean sẽ hiện ra với hai nút bấm Start & Hide và Clean Now. Trong đó, Clean Now làm đúng với ý nghĩa của nó – dọn sạch ngay Desktop của bạn trong khi Start & Hide sẽ khởi động chức năng tự động dọn ở chế độ nền. Bạn có thể thiết lập chu kì dọn tự động theo ngày, tuần … và ấn định đích đến cho các dữ liệu “lưu cữu” trên Desktop. Clean cũng cho phép tự động xếp các dữ liệu này theo nhóm để tiện cho việc tìm kiếm lại sau này.
Tương tự như Desktoday, bạn có thể thiết lập các tuỳ chọn riêng cho phép bỏ qua các tập tin và thư mục đặc biệt – tránh bị di chuyển. Tuy nhiên, với Clean, bạn phải tạo các tựa mục cho những đối tượng này nếu muốn chúng được Clean quản lý. Bất tiện hơn chút ít so với Desktoday, Clean không cung cấp liên kết nhanh cho phép bạn mở ra thư mục đích – nơi các dữ liệu bị dọn tới. Điều này cũng đồng nghĩa với việc bạn sẽ phải tự mò mẫm khi cần.