Trong trò chơi Mystery Island, người chơi sẽ đóng vai 1 người lính thủy quân phục vụ trên con tàu USS Volarus, và mọi chuyện bắt đầu kể từ khi con tàu bị phá hủy bởi 1 vật thể không xác định...
Virginia và Giáo sư MacNara đã tìm thấy con tàu mất tích của Christopher Columbus. Mặc dù con tàu đã mất tích được hơn 500 năm nhưng nhìn nó vẫn như mới bị bỏ quên ngày hôm qua.
Ở một vương quốc nơi những phép màu, những điều kỳ diệu và thần thoại đan xen lẫn nhau, và rồi có một thế lực đen tối đã tràn vào và làm đảo lộn mọi thứ, tạo nên sự mất cân bằng và sai lệch trong cuộc sống.