Kích hoạt chương trình, chờ dữ liệu tải vào bộ nhớ (RAM) máy tính đôi phút. Khi tải xong, nền màn hình trước mắt bạn là một bầu trời màu đen và các hành tinh trong Thái dương hệ như: Sao Thủy (Mercury), Sao Kim (Venus), Trái đất (Earth), Sao Hỏa (Mars), Sao Mộc (Jupiter), Sao Thổ (Saturn), Sao Thiên Vương (Uranus), Sao Hải Vương (Neptune), Sao Diêm Vương (Pluto), Mặt trăng (Moon) cùng với hơn 10 vệ tinh khác đang xoay quanh Mặt trời.
Chế độ mặc nhiên khi 3D Solar System hiển thị lần đầu là chế độ Slow Computer. Ở chế độ này bạn xem các hành tinh không rõ nét vì độ phân giải thấp. Để xem rõ nét hơn, bạn bấm vào Preferences On, rồi chọn Fast Computer, chế độ này sẽ hiển thị đúng với khả năng máy tính của bạn. Nếu máy tính có card đồ họa từ 64 MB trở lên, RAM 256 trở lên, thì xem rất tốt. Ngoài ra, bạn nên chỉnh độ phân giải màn hình từ 1024x768 hoặc cao hơn để các chi tiết trên hành tinh hiển thị rõ hơn.
Trong bảng hướng dẫn, nếu bạn muốn xem chi tiết hành tinh nào thì click vào tên của hành tinh đó. Các thông tin về hành tinh mà bạn đang xem như: quỹ đạo, đường kính, khoảng cách đến Trái đất... cũng sẽ hiện ngay trên bảng ghi chú. Nếu muốn xem cả Thái dương hệ thì bấm nút All.
Ở Menu Preferences On có các thanh trượt giúp người xem có thể điều chỉnh chế độ hiển thị lớn hay nhỏ (Zoom Scale), tốc độ di chuyển của hành tinh trên quỹ đạo (Orbit Speed), tốc độ quay quanh trục (Rotation Speed)... Ngoài ra, chương trình cũng giúp bạn hình dung được các hành tinh sẽ có màu sắc như thế nào, bề mặt của chúng ra sao, nếu bạn nhìn chúng không qua lớp khí quyển hoặc có lớp khí quyển. Bạn bấm vào Atmosphere On/Off để thực hiện điều này.
Sau khi điều chỉnh xong các chế độ hiển thị, bạn click vào Menu On/Off để thu nhỏ bảng hướng dẫn, tạo không gian rộng rãi giúp xem dễ dàng hơn. Muốn thoát khỏi chương trình thì ấn vào nút Quit.