Trong trò chơi Mystery Island, người chơi sẽ đóng vai 1 người lính thủy quân phục vụ trên con tàu USS Volarus, và mọi chuyện bắt đầu kể từ khi con tàu bị phá hủy bởi 1 vật thể không xác định...
Anna đã tỉnh dậy trên một hòn đảo nhỏ bí ẩn sau khi thoát khỏi sự hủy diệt của vương quốc dưới lòng đại dương và phải tìm cách lên được ngôi đền Temple of the Clouds trôi lơ lửng giữa không trung.