CodonCode Aligner là phần mềm có giao diện thân thiện người dùng dành cho tổ hợp DNA liên tiếp, liên kết, chỉnh sửa liền kề và dò tìm đột biến. Ngoài những tính năng thông thường, CodonCode Aligner còn cung cấp rất nhiều tính năng đặc biệt mà bạn không thể tìm thấy ở phần mềm khác. Chương trình này rất dễ sử dụng, mạnh mẽ và khả năng tùy biến cao. CodonCode Aligner còn bao gồm phần trợ giúp với mục hướng dẫn How to và các giải thích về các thuật toán được sử dụng. Chương trình này đã được sử dụng rộng rãi trong hệ thống sinh, nghiên cứu tiến hóa, sinh địa lý, dò tìm đột biến và các lĩnh vực nghiên cứu khác.