Strike Buster Prototype là một game bắn súng arcade phong cách cổ điển, với gameplay độc đáo và kết hợp thêm nhiều yếu tố hiện đại. Nhiệm vụ của người chơi trong game là tích lũy combo, chuyển đổi vũ khí, thu thập thánh tích, tiêu diệt lũ kẻ thù và trùm mạnh mẽ, sống sót và giành điểm cao nhất.
Game có một hệ thống chiến đấu tập trung vào việc tích lũy combo. Các combo tích lũy giúp nâng cấp sức mạnh vũ khí; combo tiêu hao để sử dụng item mạnh; và số lượng combo sẽ được giảm đi khi bị kẻ thù tấn công, giúp bạn không bị bỏ mạng ngay lập tức. Do vậy, combo là kinh nghiệm, năng lượng và mạng sống của bạn trong game Strike Buster Prototype.
Game có một hệ thống hạn chế vũ khí độc đáo, giúp người chơi tiêu diệt một số kẻ thù bằng vũ khí hạn chế dễ dàng hơn. Bạn phải luôn quyết định sử dụng vũ khí nào trước để giết những con quái vật khác nhau.
Game Strike Buster Prototype có chứa một lượng lớn yếu tố Roguelite, bạn có thể mở khóa và thu thập một lượng lớn thánh tích, có thể kết hợp chúng để tạo ra các hiệu ứng khác nhau. Bạn được tự do kết hợp thành tích, tăng khả năng chiến đấu và có nhiều chiến lược chiến đấu hơn.