Phiên bản làm lại FATAL FRAME II: Crimson Butterfly REMAKE có tổng cộng sáu kết thúc khác nhau. Ngoài ba Ending của phiên bản gốc, bản Remake còn bổ sung thêm các kết thúc từ phiên bản Fatal Frame II: Deep Crimson Butterfly trên Nintendo Wii cùng với một kết thúc hoàn toàn mới. Dưới đây là tổng hợp tất cả Ending trong Fatal Frame II: Crimson Butterfly Remake.

Đây là phiên bản mở rộng của kết thúc Lingering Scent trong bản gốc. Sau khi vào được Great Tree, người chơi có thể đến Kureha Shrine, nơi một cánh cửa bí mật mở ra và mang đến cho Mio cơ hội thoát khỏi ngôi làng.
Tuy nhiên, để sống sót, cô buộc phải bỏ lại Mayu. Mio bước qua lối đi và sau đó xuất hiện trở lại trong khu rừng dưới ánh sáng ban ngày, đau đớn khóc thương em gái mình.
Trên thực tế, đây không phải là một kết thúc hoàn chỉnh. Trong gameplay, lựa chọn này khiến người chơi phải tải lại file lưu để tiếp tục câu chuyện. Tuy vậy, xét về mặt cốt truyện, nó vẫn là một khoảnh khắc quan trọng.
Đây là kết thúc mặc định trong lần chơi đầu tiên. Ending này cho thấy hậu quả của thảm họa Repentance, khi nghi lễ của Sae thất bại và cô trỗi dậy trong cơn đau khổ và phẫn nộ, dẫn đến việc ngôi làng Minakami bị hủy diệt.
Sau trận chiến với Kusabi, Mio tìm thấy Mayu trước Abyss - cánh cổng dẫn xuống địa ngục. Theo nghi thức, Mio siết cổ Mayu và các Veiled Priest ném thi thể cô xuống Abyss. Một con bướm đỏ (Crimson Butterfly) bay lên, cho thấy nghi lễ đã hoàn thành.
Con bướm của Mayu dẫn Mio rời khỏi làng. Trong khi Mio liên tục xin lỗi, cô hòa mình vào đàn bướm phát sáng khi bình minh xuất hiện trên Minakami. Đây là một kết thúc đầy bi kịch và cay đắng.

Trong kết thúc này, Mio mang theo linh hồn của Kurosawa Yae, cho phép hai chị em song sinh Yae và Sae được đoàn tụ sau nhiều năm chia ly. Trước đó, Yae từng trốn thoát cùng Ryōzō Munakata, mất trí nhớ và chuyển đến Himuro Mansion, nơi cô sinh ra hậu duệ là Miku Hinasaki.
Hai chị em hồn ma trò chuyện trước khi cùng rơi xuống Abyss. Tuy nhiên, Mio đã kịp thời giữ được Mayu, giúp cả hai sống sót. Những con bướm đỏ bay lên bầu trời, trong khi các linh hồn của ngôi làng - bao gồm Masami và Miyuko - lặng lẽ dõi theo.
Không khí bình yên dần bao trùm Minakami, nhưng câu chuyện vẫn gợi ý rằng vòng tuần hoàn định mệnh của các cặp song sinh có thể vẫn chưa kết thúc.
Đây là một kết thúc đen tối, vốn đã xuất hiện trong bản gốc. Sau trận chiến với Mayu khi cô mang hình dạng Sae, Mayu suýt rơi xuống Abyss. Mio kịp thời cứu được chị gái, nhưng cô vô tình nhìn xuống vực sâu. Hậu quả là Mio bị mù.
Trong đoạn kết, Mio kể lại việc hai chị em được tìm thấy trong rừng sau sự kiện đó, còn ngôi làng Minakami đã biến mất khi con đập được xây dựng. Khung cảnh cuối cùng cho thấy một ngày nắng đẹp, nhưng Mio phải đeo băng trắng che mắt, phụ thuộc vào Mayu giống như trước kia.

Đây là một trong những Ending cảm động và tích cực nhất của game. Để mở khóa, người chơi phải hoàn thành trò chơi ở Nightmare Mode, tức là trong lần chơi thứ hai.
Trong kết thúc này, Mayu rơi xuống Abyss và Mio lập tức nhảy theo. Khi Mio mang theo linh hồn của Kurosawa Yae - người đã được đưa trở lại làng - điều kỳ diệu xảy ra. Nhờ sự dẫn dắt của cặp song sinh Kurosawa, Mio và Mayu hợp nhất sức mạnh để tạo ra một con bướm mới. Sau đó, Yae và Sae cũng làm điều tương tự.
Đàn bướm phát sáng bay khắp ngôi làng, giải thoát cho tất cả linh hồn mắc kẹt. Cuối cùng, tất cả đều tìm được sự bình yên.
Đây được xem là Ending có hậu nhất trong Fatal Frame II Remake. Về cơ bản, kết thúc này giống với Sprouting Wings, nhưng có thêm một cảnh kết. Trong cảnh này, hai chị em sinh đôi Amakura ngồi trên ghế đá nhìn ra con đập. Sau đó, họ đứng dậy - và người chơi nhận ra rằng chân của Mayu đã hồi phục.
Ending này mang lại cảm giác chữa lành. Các linh hồn cuối cùng cũng được siêu thoát, trong khi câu chuyện của cặp song sinh Amakura khép lại bằng một kết thúc hy vọng và hạnh phúc hơn.