Tales of Phi: Math land Great Battle bắt đầu câu chuyện trên vùng đất Toán học. Một thế giới nơi mọi người sử dụng Math Guardian Monster để chiến đấu bằng cách trả lời phép tính toán học. Chỉ những người thông minh mới có thể điều khiển được Guardian mạnh mẽ.
Câu chuyện trong game Tales of Phi: Math land Great Battle xảy ra 10 năm sau trận chiến Toán học vĩ đại, nơi 5 con rồng huyền thoại đánh bại Nemesis, Vệ thần bóng tối quyền năng nhất và không thể kiểm soát, được triệu hồi bởi tổ chức bóng tối bí ẩn.
Bạn sẽ nhập vai nhân vật Phi – một học sinh đến từ Học viện Toán học xuất hiện với tư cách là Học sinh lớp E, được chọn bởi một vị Hoàng đế đệ nhị huyền thoại. Nhiệm vụ của bạn là tìm ra sự thật bí ẩn đằng sau thảm kịch của Great Math Battle 10 năm trước và ngăn chặn sự hồi sinh của Nemesis. Trong cuộc phiêu lưu này, gamer có thể nâng cao cấp độ của Phi bằng cách tham gia kỳ thi học viện và sau đó chứng tỏ mình xứng đáng là Người giám hộ của Rồng huyền thoại.