Digimon Story: Lost Evolution là game nhập vai phong cách Pokemon được Bandai Namco Games phát hành cho Nintendo DS. Đây là trò chơi Digimon thứ năm dành cho thiết bị cầm tay và là trò chơi thứ ba trong loạt game phụ Digimon Story.
Người chơi sẽ vào vai Shu hoặc Kizuna, hai học sinh lớp 5 ở Nhật Bản vừa chuyển đến một quận mới. Sau khi chứng kiến một vật thể phát sáng rơi xuống núi trong một buổi lễ bắn pháo hoa, họ được đưa đến Thế giới kỹ thuật số (Digital World), nơi họ gặp những người bạn Digimon. Đồng hành cùng họ còn có các bạn cùng lớp Hiroyuki - một kẻ gây rối, Asuka chu đáo, em gái lớp hai của Hiroyuki - Yui và bạn của cô, học sinh lớp một tên Takuto. Cùng nhau, họ phải hỗ trợ những người bạn Digimon ngăn chặn một nhóm phản diện gồm Uno, Dos và Tres.
Thế giới kỹ thuật số đã từng là một thiên đường, nhưng dạo gần đây có rất nhiều sự kiện không bình thường đang xảy ra. Các Digimon đang chiến đấu đều lần lượt biến mất. Trong khoảng thời gian này, một nhóm thuần hóa đang giúp Digimon phát triển mạnh mẽ hơn. Khi Thế giới kỹ thuật số đang gặp khủng hoảng, Agumon bắt đầu tìm kiếm một người thuần hóa cho riêng mình trong thế giới thực.
Trong Digimon Story: Lost Evolution, người chơi sẽ vào vai một người vừa mới chuyển đến thị trấn, đang xem bắn pháo hoa thì nhận thấy một ánh sáng lạ trong đêm chiếu xuống gần một ngọn đồi. Bạn đi cùng bạn bè của mình để xem có gì ở đó và gặp Agumon. Khi Agumon đang tìm kiếm sự giúp đỡ, cả nhóm bị tấn công bởi một băng nhóm bí ẩn tên Uno, Dos và Tres. Chúng tấn công và bạn sử dụng Agumon để đánh bại Numemon của nhóm.
Sau trận chiến, bộ ba độc ác bỏ lại Numemon của chúng và chạy trốn. Hai người bạn an ủi Numemon và sau đó bị bắt cóc khi nhóm người kia quay trở lại. Bạn đồng ý giúp Agumon giải quyết bí ẩn của Thế giới kỹ thuật số để giải cứu bạn bè mình.